Lüneburg war früher ein wichtiger Knotenpunkt für den Warentransport. Die Ilmenau war schiffbar bis in die Elbe, ein herzoglich verbrieftes Recht, die Ilmenau zu vertiefen und einzudeichen und so schiffbar zu halten, garantierte eine ungehinderte Nutzung.
Das Hafenbecken wurde im 13. Jahrhundert gebaut und schließt unmittelbar an die Lüner Mühle und die Abtsmühle an. Eine Brücke über das Hafenbecken führte zum Lüner Tor. So konnten auch die Fuhrwerke mühelos die Stadt verlassen. Der Hafenausgang war bewacht, ein Baumstamm mit Eisenspitzen versperrte des Nachts die Durchfahrt. Dafür war eigens ein Wächter beschäftigt, ihm diente ein Wachhäuschen ("Baumhaus") am unteren Ende der Baumstraße als Dienstwohnung. So verhinderte man die Ausfahrt ohne die Hafengebühr entrichtet zu haben. Der Schlüssel für den Hafenbalken musste abends beim Bürgermeister abgegeben und morgens wieder abgeholt werden.
Außerhalb der Stadtmauer gab es einen Außenhafen. Dort wurden große Mengen Brennholz für die Saline und den Hausbau angeliefert und auf der Hude zwischengelagert.
Die Lüneburger Flotte besaß ca. 100 Schiffe. Die Bildungs-und Projektwerkstatt "Salzwerkstatt" hat einen Salz-Ewer und einen Salzprahm nachgebaut. Diese beiden Schiffe liegen im alten Hafen.
Vom Ende des 14. Jahrhunderts bis zum Anfang des 20. Jahrhunderts transportierten Schiffe das kostbare Salz über die Ilmenau, die Elbe und den Stecknitz-Kanal nach Lübeck und Hamburg. Zur Blütezeit der Saline vom 15. bis 17. Jahrhundert wurden so jährlich mehr als 10.000 Tonnen Salz allein nach Lübeck geschifft. Der Wasserweg war weitaus ungefährlicher und billiger als die Landroute, die heute als „Alte Salzstraße“ bekannt ist.
Heute hat der Hafen für die Schifffahrt keine Bedeutung mehrt.