Gleich nach der Eröffnung des Elbe-Seitenkanals entstand die Hafen Lüneburg GmbH (HLG), die im Auftrag der Stadt Lüneburg den Hafen Lüneburg einschließlich der Industriebahn Lüneburg-Ost verwaltet und betreibt. Um den Hafen herum befindet sich ein weiträumiges Industrie- und Gewerbegebiet. Die Anbindung an das öffentliche Schienen- und Straßennetz ist auch gegeben. Hauptumschlaggüter sind Baustoffe, Brennstoffe, Düngemittel und Getreide.
Entlang des Kanals haben sich drei leistungsfähige Häfen etabliert: Lüneburg, Uelzen und Wittingen, die sich im Sommer 2014 zum "Hafenverbund Elbe-Seitenkanal" zusammengeschlossen haben, um künftig die Potenziale des Elbe-Seiten-Kanals gemeinsam zu nutzen.