1990 wurden beim Straßenbau zwischen Ochtmissen und Bardowick 56 Faustkeile in einem Jagdlager gefunden, sie sind 150.000 Jahre alt. Das bedeutet: schon während der Zeit der Neandertaler lebten Menschen im Raum Lüneburg. Eine durchgehende Besiedlung gab es aber sicher nicht, denn eine Eiszeit von mehreren tausend Jahren verhinderte dies.
Im 19. Jahrhundert fand man in der Ilmenau zwischen Lüne und Bardowick eine uralte Axt, archäologisches Zeugnis einer sesshaften Bauernkultur um 6000 Jahre vor Chr.
Auf dem Zeltberg gibt es etliche vor- und frühgeschichtliche Bestattungsplätze aus der Bronzezeit. Dort wurde auch das sogenannte „Aunjetitzer Randleistenbeil“ aus der Zeit um 1900 v. Chr. gefunden.
Im Lüneburger Stadtgebiet selbst wurden etliche Urnen aus der Eisenzeit gefunden, die bereits im 18. Jahrhundert erwähnt werden. Diese Funde sind in die Privatsammlungen einiger Gelehrter des 18. Jahrhunderts gelangt und – bis auf wenige Ausnahmen – mit ihnen untergegangen.
Aus den ersten Jahrhunderten nach Chr. wurden auf dem Zeltberg und in Ödeme langobardische Urnen-Gräberfelder gefunden. Auch aus dem frühen Mittelalter gibt es mehrere Fundplätze auf dem Gebiet der späteren Stadt, z. B. unweit der Johanniskirche, dem Lambertiplatz nahe der Saline und im Wasserviertel.
Eine griechischer Geograph bezeichnete ca. 150 n. Chr. einen Ort in der Region “Leuana”, damit könnte Lüneburg gemeint sein.
Vor über 1300 Jahren gab es zwei Ursiedlungen.
Die Bewohner dieser beiden Siedlungen lebten schon sehr früh (im 8. Jahrhundert) in einer Art Kooperative - die einen hatten das Salz für den Handel (Marktviertel) und die anderen den Fluss und den Umschlagplatz (Sandviertel) zum Transport. Gemeinsam konnte man gut wirtschaften. Die Nachfrage nach dem kostbaren Salz war so groß, dass schon bald eine neue Siedlung rund um die Saline (Sülzviertel) für die Salzarbeiter entstand. Diese drei Siedlungen wuchsen im Laufe der Zeit zusammen und bildeten das Dorf Lunaborch.
Die erste urkundliche Erwähnung Lüneburgs im Mittelalter findet sich in einer Urkunde vom 13. August 956, in der König Otto I. (Otto der Große) 'den Zoll zu Lüneburg an das zu Ehren des heiligen Michaels errichtete Kloster' schenkt. Eine ältere Erwähnung des Ortes in den fränkischen Reichsannalen (795) wird auf einen der drei Kerne Lüneburgs bezogen; vermutlich auf die spätere, ab 951 als Sitz der Billunger belegte Burg auf dem Kalkberg. Der elbgermanische Name 'Hliuni' entspricht dabei dem langobardischen Wort für 'Zufluchtsort'.
Etwa 1200 bekam Lüneburg erstmals die Stadtrechte, welche 1247 durch Herzog Otto I. von Braunschweig (Otto das Kind) bestätigt wurden. In dieser Zeit wurde ein neuer großer Hafen errichtet, um die vielen Schiffe abfertigen zu können. Es entstand das (Wasserviertel).
Die so entstandene Form der Stadt blieb bis zur Ausweitung der Stadtfläche im späten 19. Jahrhundert bestehen und ist noch heute deutlich erkennbar.
Der einträgliche Handel mit dem aus der Saline gewonnenen Salz zog immer weitere Kreise. So wuchs Lunaborch rasch zu einem wohlhabenden Ort heran, war aber trotzdem lange dem nahe gelegenen Bardowick untergeordnet. Bardowick war älter und ein bedeutender Handelsplatz der Slawen. Bardowicks Reichtum – es hatte sieben Kirchen – rührte natürlich daher, dass keine weiteren Handelszentren in der Nähe geduldet wurden. Erst nachdem Bardowick sich Heinrich dem Löwen widersetzte, wurde es 1189 von ihm zerstört. Daraufhin übernahm Lüneburg die Vormachtstellung und entwickelte sich zum neuen zentralen Handelsplatz in der Region.
Die Welfen verliehen der Stadt etwa 1200 erstmals das Stadtrecht. 1235 erhielt der welfische Herzog Otto 1. (das Kind) das vom Kaiser neu geschaffene Erbherzogtum Braunschweig-Lüneburg zugeteilt. Er förderte seine Besitzungen und sein Volk, so auch in Lüneburg. Im Jahre 1247 bestätigte er das Lüneburger Stadtrecht und erweiterte es erheblich. Die Urkunde ist noch erhalten und befindet sich im Besitz der Stadt Lüneburg.
Die günstige geographische Lage an der Ilmenau mit Verbindung zur Nordsee (via Elbe) und zur Ostsee (via Stecknitzkanal) machte Lüneburg zu einem der wichtigsten Knotenpunkte im gesamten Warenverkehr Nordeuropas. Die große Nachfrage der dort gelegenen Fischfangnationen nach dem "weißen Gold" um Fische zu konservieren versprach gute Geschäfte und Wohlstand für alle.
So entwickelte sich die Lüneburger Saline schnell zur größten Salzproduktionsstätte Europas.
Damit einher ging ein gewaltiger Aufschwung in vielen anderen Gewerken. Schiffsbauer, Böttcher, Hufschmiede, Wagenbauer, Werkzeugmacher, Schmiede, Sattler, Tischler, Drechsler und viele andere Handwerker hatten Hochkonjunktur. Dazu kam das riesige Transportwesen. All diese Menschen mussten sich kleiden, essen und irgendwo wohnen. Ergo: kaum einer der nicht vom Salzhandel profitierte. Aus dem beschaulichen Lüneburg wurde bald eine angesehene und einflussreiche Großstadt.
Wann sich Lüneburg der Hanse angeschlossen hat ist nicht genau bekannt (der erste schriftliche Beleg über eine Mitgliedschaft stammt aus dem Jahr 1295). In diesem Schriftstück anerkennt Lüneburg sowohl Nowgorod als Gerichtshof als auch Lübeck als hansische Hauptstadt. Es ist zu vermuten, dass Lüneburg schon vorher dazugehörte.
Lüneburg besaß in der Hansezeit das Monopol als Salzlieferant im gesamten nordeuropäischen Raum. Dadurch wurde es zusammen mit Bergen (Norwegen) und Visby (Schweden), den Fischlieferanten, sowie Lübeck (als zentralem Handelspunkt zwischen Ostsee und Binnenland) rasch zu einer der wichtigsten und reichsten Städte der Hanse.
Durch die gehobene Stellung der Stadt gewann auch der Rat an politischem Einfluss gegenüber den Stadtherren, was dazu führte, dass 1371 die Herzöge von Braunschweig und Lüneburg vertrieben und ihre Burg auf dem Kalkberg zerstört wurde. Lüneburg war jetzt unabhängig. 1412 konnte Lübeck seine Pflichten als Hauptstadt der Hanse aus innenpolitischen Gründen bis auf weiteres nicht wahrnehmen und der allgemeine Hansetag bestimmte Lüneburg und Hamburg als Vertreter. 1416 kehrte Lübeck wieder an die Spitze der Hanse zurück und behielt sie bis heute, wenn auch mit völlig anderen Bedingungen.
Um 1235 entstand das Herzogtum Braunschweig-Lüneburg, das wiederholt in verschiedene Linien geteilt und wieder zusammengeführt wurde. Die so immer wieder entstehenden Teilstaaten, die staatsrechtlich im Rang von Fürstentümern standen, erhielten ihre Namen in der Regel nach ihrer jeweiligen Residenz. So entstand zwischen 1267 und 1269 erstmals ein Fürstentum Lüneburg mit Lüneburg als Residenzstadt. Im Zuge der Lüneburger Erbfolgekriege vertrieben 1371 aufständische Bürger die Fürsten aus der Stadt und zerstörten die landesherrliche Burg auf dem Kalkberg sowie das nahe gelegene Kloster. Die dadurch und mit dem Landfrieden von 1392 erkämpften Rechte einer freien Reichsstadt konnten bis 1637 verteidigt werden. Das Geld blieb nun in der Stadt, die reichen Häuser und Kirchen entstanden. 1454 wurde im Forderungskatalog der Sechziger (einer Gruppe von sechzig Bürgern, die gemeinsam mit dem Rat Lüneburg regierten) mehr Einfluss der Bürger im öffentlichen Leben eingefordert. Die Sechziger forderten mehr Fairness und Gleichbehandlung im öffentlichen Leben und mehr Kontrolle über den Rat - ein erster wichtiger Schritt Richtung Demokratie!
Der große Wohlstand der Stadt ist noch heute zu sehen. In der damaligen Zeit konnten sich die Bürger ansehnliche Häuser bauen - zum Teil mit monumentalen Fassaden. Ausländische Waren für den privaten Gebrauch konnten gekauft werden. Die Handelsbeziehungen reichten bis nach Italien und den vorderen Orient. Die Familie Viscule betrieb ein solches Warenhaus.
Als 1560 vor der schwedischen Halbinsel Falsterbo die großen Heringsschwärme ausblieben und viele Salz-Großkunden wegbrachen, bedeutete das für Lüneburg drastische finanzielle Einbußen, die sich über Jahre auswirkten. Als dann 1618 auch noch der 30 jährige Krieg ausbrach (bis 1648) wurden die Zeiten immer schlechter und es setzte eine allgemeine Schwächung der Hanse ein. Lüneburg schickte 1627 letztmals eine Delegation zu einem der etwa jährlichen Hansetage.
In der Folge erlahmte der Handel mit Gütern im Allgemeinen und Salz im Speziellen. Die Stadt und ihre Bürger verarmte rasch. Die bis dahin rege Bautätigkeit kam fast vollständig zum Erliegen. Das bis heute erhaltene historische Stadtbild stammt also fast ausnahmslos aus der Zeit vor dem Niedergang. bis heute fast unverändert geblieben.
Unter Wilhelm, dem Jüngeren (1559 - 1592) wurde im Rahmen der Reformation 1580 der protestantische Glaube eingeführt.
Lüneburg hatte zwar Privilegien wie eine freie Reichsstadt, aber eine rechtliche Anerkennung hat es nie gegeben. Es gehörte zum Fürstentum Lüneburg. Die dort regierenden Fürsten versuchten während des Krieges ihr Reich neutral zu halten, was auch weitestgehend gelang. 1637 wurde Lüneburg wieder dem regierenden Fürsten unterstellt und verlor seinen freien Status. 1705 fiel das Fürstentum Lüneburg an das Kurfürstentum Braunschweig (-Lüneburg).
1810 wurde Lüneburg von den nach Osten drängenden Franzosen unter Napoleon annektiert. Nach dessen Niederlage in Russland vertrieben die Lüneburger die Franzosen aus der Stadt und besiegten sie in der Gördeschlacht.
Ende des 19. Jahrhunderts entwickelte sich Lüneburg zur Garnisonsstadt. Fortan bestimmten vier große Kasernen mit ihren Soldaten das Leben in der Stadt. Im Rahmen der Wehrreform wurden ab 1990 drei Kasernen geschlossen und die vierte (Theodor-Körner-Kaserne) verkleinert.
Während der Nazizeit war Lüneburg die Hauptstadt des NSDAP-Gaues Osthannover. Das Gauleiter-Haus nebst unterirdischem Gau-Befehlsstand und Luftwarn-Zentrale befindet sich in der Schießgrabenstraße.
Weitere Orte der NS-Gräuel: Das Kalandhaus war eine Außenstelle des Konzentrationslagers Neuengamme, im Keller befand sich ein Gefängnis für bis zu 155 Häftlinge.
Das Landes-Krankenhaus war eine Durchgangsanstalt zu den zentralen Tötungsanstalten. Hier gab es die Kinderfachabteilung Lüneburg; hier wurden vermutlich über 300 Kinder im Rahmen der „Kinder-Euthanasie“ getötet.
Die Gestapo in der Julius-Wolff-Straße verhörte die Gefangenen in einem Folterkeller und überstellte sie dann an das Gerichtsgefängnis.
Am 4. Mai 1945 wurde südlich der Stadt auf dem Timeloberg bei Wendisch Evern eine Kapitulationserklärung gegenüber den Briten unterschrieben. Diese beendete den Zweiten Weltkrieg in Nordwestdeutschland. Die Stelle ist heute nicht für die Öffentlichkeit zugänglich weil militärisches Sperrgebiet. Nur ein kleiner Gedenkstein zum 50. Jahrestag in unmittelbarer Nähe weist darauf hin.
Drei Wochen vor dem Ende des 2. Weltkriegs hatten die Briten auch Lüneburg eingenommen. Sie blieben als Besatzungsmacht, das Hauptquartier befand sich in Häcklingen in der Möllering-Villa. Die drei bestehenden Kasernen wurden von der britischen Rheinarmee 1955 an die neue Bundeswehr übergeben. Lüneburg war wieder Garnisonsstadt; eine weitere Kaserne für den Bundesgrenzschutz wurde errichtet, denn die ehemalige innerdeutsche Grenze war nur etwa 20 km entfernt.
Nach dem Wegfall der Grenze 1989 und der Wehrreform 1990 wurden drei Kasernen geschlossen und die vierte (Theodor-Körner-Kaserne) verkleinert.
Das Gelände und die Gebäude der Scharnhorst-Kaserne wurde an die Universität übergeben.
Die Schlieffen-Kaserne beherbergt nun das Behördenzentrum Ost, die Bundespolizei und einige private Unternehmen. Alle technischen Gebäude (Panzerhallen usw.) wurden abgerissen, hier entsteht zur Zeit ein neuer Stadtteil - das Hanseviertel. Zu Castor-Zeiten wurden in den alten Wohngebäuden bis zu 2000 auswärtige Polizisten und Grenzschützer untergebracht.
Das Areal der Bundesgrenzschutz-Kaserne heißt heute "Lünepark", hat eine neue Brücke über die Ilmenau bekommen und beherbergt die Schwerpunktfeuerwehr Lüneburg Mitte, eine Apartmentanlage, ein Großkino, ein Parkhaus und mehr als 25 Firmen aus dem IT-Bereich.
1946 wurde eine pädagogische Hochschule gegründet; 1989 bekam diese Schule den Status einer Universität und wird seit 2006 "Leuphana-Universität" genannt.
Zwar war Lüneburg im Krieg nicht von Bomben getroffen worden, aber die historische Bausubstanz war inzwischen sehr verfallen. Man plante einen weitgehenden Abriss und Neubau des Wohnraumes. Doch es regte sich Widerstand unter den Bürgern - der Denkmalsschutz wurde populär. Ende der 1960er Jahre gründete Curt Pomp den "Arbeitskreis Lüneburger Altstadt" (ALA) und setzte sich für den Erhalt der historischen Bausubstanz ein. Politik und Verwaltung folgte ihm nur sehr widerwillig. Seit den frühen 1970er Jahren wurde die Stadt aber dann systematisch restauriert.
Heute ist Lüneburg aufgrund dieser Restaurierungen ein einzigartiges Baudenkmal - Geschichte zum Anfassen - eine Touristenattraktion. Alljährlich besuchen viele tausend Touristen die Hansestadt, ein wichtiger Bestandteil der städtischen Wirtschaft. Werbung der besonderen Art: Die Langzeit-Serie - "Rote Rosen" der ARD.
Ein weiterer wichtiger Aspekt für das aufstrebende Lüneburg war Ende des vorigen Jahrhunderts der Bau des Elbe-Seiten-Kanals und der Autobahnanbindung.
Seit 2007 darf sich Lüneburg wieder Hansestadt Lüneburg nennen; 2008 verlieh die Bundesregierung der Stadt den Titel "Ort der Vielfalt" für ihre Bemühungen um kulturelle Vielfalt.