Das älteste Dokument welches diese Mühle erwähnt stammt aus dem Jahre 1391. Damals hieß sie noch die "Klostermühle", weil sie ursprünglich dem Kloster Lüne gehörte. Ca. 1567 musste die alte Mühle erneuert werden, es entstand eine oberschlächtige Öl- und Kornmühle.
Während der Säkularisierung übernahm das Amt Lüne die Mühle und fortan hieß sie die "Amtsmühle". Alle folgenden Pächter mussten sowohl das Kloster Lüne als auch das Amt Lüne kostenfrei mit Mahlgut versorgen. Diese Regelung galt bis ins 20. Jahrhundert hinein.
Heute wird die Lüner Mühle als Restaurant genutzt und gehört zum benachbarten Hotel.